Pesantren Mahasiswa Jamiah Kebangsaan mulai dirintis secara bertahap. Pada tahap awal, kegiatan pendidikan dilaksanakan secara sederhana dengan memanfaatkan fasilitas yang tersedia di lingkungan sekitar. Meskipun dengan keterbatasan sarana dan prasarana, proses pembelajaran tetap berjalan dengan penuh semangat dan dedikasi dari para pendiri dan tenaga pengajar. Waktu pendirian dan awal pembangunan, secara historis, Pesantren Mahasiswa Jamiah Kebangsaan mulai dirintis dan didirikan pada awal tahun 2020, yang ditandai dengan dimulainya kegiatan pendidikan serta pembentukan struktur kelembagaan pesantren.
Tahun pendirian dan legalitas awal,bahwa Pesantren Mahasiswa Jamiah Kebangsaan secara resmi mulai dirintis dan didirikan pada tahun 2021, yang ditandai dengan pembentukan kepengurusan awal pesantren,penyusunan visi, misi, serta program Pendidikan,dimulainya kegiatan pembelajaran secara terbatas, dan dukungan masyarakat dalam bentuk swadaya dan partisipasi aktif. Pada tahap awal ini, pesantren belum memiliki fasilitas yang memadai, namun semangat pendirian dan komitmen pengelola menjadi modal utama dalam menjalankan kegiatan pendidikan. Tahap awal pembangunan (2021–2022), pembangunan fisik awal pesantren dimulai secara bertahap sejak tahun 2021 hingga 2022, dengan fokus pada penyediaan fasilitas dasar yang sangat dibutuhkan,seperti pembangunan ruang belajar sederhana,pendirian mushalla sebagai pusat kegiatan ibadah,penyediaan asrama santri secara terbatas, dan penataan lingkungan pesantren. Namun memasuki periode tahun 2022 hingga 2024, Pesantren Mahasiswa Jamiah Kebangsaan mulai menunjukkan perkembangan yang signifikan, baik dari segi kelembagaan maupun jumlah santri